Zur Beratung der ZLG und als Instrument zur Mitwirkung der Länder wurde auf der Grundlage des Staatsvertrages ein Beirat eingerichtet. Jedes Land entsendet ein Mitglied in den Beirat, das von dem für den Gesundheitsschutz zuständigen Ministerium bestellt wird. Die betroffenen Bundesministerien sind mit Gast- und Rederecht vertreten.

Der Beirat ist über die Tätigkeiten der ZLG zu informieren. Zu diesem Zweck erstellt die ZLG einen Jahresbericht, auf Grund dessen der Beirat Richtlinien für die Tätigkeit der ZLG erarbeitet und somit richtungsweisend auf die Arbeit der ZLG einwirkt.